Shinji Ikari , un jeune garçon de quatorze ans, a été convoqué par son père (qu'il n'a pas vu depuis une dizaine d'années), sans que celui-ci ne lui donne de raison.  La ville est en alerte, un objet non identifié, appelé ange a été signalé dans l'océan et il semble se diriger vers la ville de Tokyo-3. Les forces armées, malgré tous leur efforts, ne semblent pas en moyen de l'arrêter. Même leur plus puissante arme, le missile NN est sans effet. 

N'ayant plus d'alternatives, le commandement est confié à la NERV, une organisation ultra-secrète et sous l'égide de l'ONU, dirigée par Gendo Ikari, le père de Shinji. Celui-ci arrive finalement au QG de la NERV, où il fait la connaissance avec la plus puissante arme jamais construite par l'homme, une sorte de robot géant, "L'humain de synthèse EVANGELION"! Et c'est la que Shinji est informé de la raison de sa présence. Son père veut que ce soit lui qui pilote ce robot pour anéantir l'ange. Shinji est très déçu et en colère contre son père en pensant qu'il ne l'a fait venir seulement parce qu'il avait besoin de lui. De plus, il se sent incapable de piloter un tel engin sans entrainement !

Pendant ce Temps, l'ange (Sachiel) s'est rapproché du QG et commence à l'attaquer. Shinji refuse toujours de monter à bord de l'EVA pour combattre l'ange. Toutefois, lorsqu'il voit que le second pilote, une jeune fille de son age nommée Rei Ayanami va devoir y aller à sa place, alors qu'elle souffre déjà de graves blessures, Shinji se décide à piloter et à combattre.

Aidé par les instructions données par son père et les techniciens de la NERV, Shinji part combattre...