Le quartier général de la NERV est soudainement privé d'électricité, ce qui est normalement impossible du fait des nombreux générateur auxiliaires et de secours. Quelqu'un cherche à mettre ainsi la NERV en difficulté. Et c'est justement à ce moment que le neuvième Ange, Matriel, attaque le QG. 

Les enfants, qui ne se sont rendus compte de rien, sont avertis par Makoto qui a intercepté une camionnette des élections municipales et se sert du mégaphone pour prévenir tout le monde. Ils arrivent bientôt au QG mais sans électricité, impossible de franchir la porte à carte magnétique. Ils doivent donc emprunter des passages souterrains. Asuka se déclare chef de groupe et décide du chemin à prendre. Mais au lieu d'écouter Rei qui semble connaître le chemin, elle entraîne le groupe dans la mauvaise direction, et tombe nez à nez avec l'Ange. Heureusement, au bout du compte les enfants réussissent à rejoindre le centre de commandement.

Pendant ce temps le commandant Ikari a déjà ordonné l'activation manuelle des Eva, si bien que tout est prêt lorsque les enfants arrivent. Toutefois ils disposent de peu d'énergie pour venir à bout de l'Ange qui a décidé de s'introduire dans le QG par une cage de lancement des EVAs. Celui-ci possède un oeil qui crache de l'acide très corrosif. Asuka pense alors à un plan efficace et donne à chacun son rôle. Grâce à sa stratégie, ils viennent facilement à bout de l'Ange.