épisode 17 : Le quatrième qualifié.

Toji rend souvent visite à sa soeur, toujours hospitalisée depuis le premier combat de l'Eva 01. Tout le monde s'accorde à dire que c'est un frère exemplaire. Pendant ce temps, une surprenante nouvelle tombe à la NERV. La seconde filiale, basée aux USA, et chargée du développement de l'Eva 04 et de tests sur le complexe S², a complètement disparu, sans aucune raison.

La NERV décide donc de recruter un nouveau pilote, pour l'Eva 03, produite aux états-unis. L'identité du pilote est cachée des autres pilotes, mais Misato, qui est au courant, est très embarrassée.

A l'école, Toji doit apporter ses cours à Rei, absente depuis plusieurs jours, et demande à Shinji de l'accompagner. Là-bas, il découvrent une chambre très en désordre, et Shinji commence spontanément à ranger, ce qui ne manque pas d'étonner son camarade. Toji dit d'ailleurs à Shinji qu'il a beaucoup changé, et qu'il est bien plus ouvert qu'avant.

Lorsque Rei rentre chez elle, elle laisse pour la première fois échapper un mot de gratitude, ce qui d'ailleurs la trouble beaucoup après coup. Misato soupçonne la NERV de manigancer quelque chose, à propos du nouveau pilote. Kaji lui explique que l'institut Marduk, responsable de la sélection des pilotes, n'existe pas en réalité, et que c'est la NERV qui tire les ficelles dans l'ombre.