Shinji est donc envoyé dans la bataille, sans savoir comment piloter. Shinji ne tarde pas à être malmenée par l'ange, qui lui porte un coup direct au visage. L'EVA, gravement endommagée, s'immobilise, et Shinji perd connaissance....Quand il se réveille, Shinji est dans une chambre d'hôpital. Il ne se souvient quasiment de rien...

Il doit maintenant loger sur place, mais il a du mal à supporter la solitude, alors Misato Katsuragi lui propose de venir habiter chez elle (en lui forçant un peu la main quand même...), dans son appartement. Shinji emménage donc chez Misato, qui semble beaucoup moins sérieuse dans la vie qu'il n'y parait...

Pendant son bain, Shinji a soudain un flash et son combat lui revient. Alors que l'EVA était acculée dans un coin, s'est soudainement réactivée, soignant spontanément toutes ses blessures, et devenant folle furieuse. Elle s'est jetée sur l'ange et l'a écrasé, celui-ci s'est alors autodétruit...