épisode 21 : NERV, la naissance.

Misato est interrogée par des agents spéciaux de la NERV. Fuyutsuki a été enlevé, et Ryoji est soupçonné. Mais l'enlèvement a été commandité par la Seele à travers Kaji. Pendant son interrogatoire, Fuyutsuki se remémore le passé. Avant le second impact, il était professeur dans une université. C'est là qu'il rencontra Yui Ikari, et Gendo Rokubungi, qui allait devenir Gendo Ikari.

Après le second impact, Fuyutsuki revoit encore Gendo et Yui, ainsi que le professeur Akagi Naoko (mère de Ritsuko), qui travaillent tous sur un projet de grande envergure, les Evangelion, réplique d'Adam, le géant de lumière responsable de la catastrophe du second impact. Peu après s'en suivent le suicide du docteur Akagi, et la mystérieuse disparition de Yui lors d'une expérience. Malgré cela, l'organisation de la NERV est fondé, avec à sa tête Gendo.

De retour au présent, Ryoji libère Fuyutsuki, qui lui signifie bien qu'en faisant cela, et en trahissant la Seele, il signe son arrêt de mort. En effet, peu de temps après, Ryoji est exécuté. Misato, une fois relachée par les agents spéciaux de la NERV, découvre l'ultime message qu'a laissé Kaji sur son répondeur. Misato pleure toutes les larmes de son corps devant un Shinji se sentant totalement impuissant.