épisode 23 : Larmes.

Le seizième ange apparait au dessus de la ville. Rei est envoyé en reconnaissance, mais l'ange l'attaque. Celui-ci essaye de fusionner avec l'Eva. Misato envoie Asuka à la rescousse, mais celle-ci n'est plus capable de faire bouger son Eva, tant elle se sent mal. Gendo annule donc l'ordre de congélation de l'Eva 01 et Shinji part secourir Rei.

Dès sa sortie, l'ange tente de s'attaquer aussi à Shinji. Rei se rend compte que l'ange réagit selon ses sentiments, et elle préfère retenir l'ange et provoquer une autodestruction de l'Eva plutôt que de risquer de faire du mal à Shinji. L'explosion provoquée par la destruction de l'Eva 00 est gigantesque, et souffle littéralement Tokyo-3. Ange et Eva disparaissent tous les deux.

Pourtant, quelques heures plus tard, Rei réapparait devant Shinji. Elle dit qu'elle est la troisième... Misato, qui en a assez des mystères, menace Ritsuko de son pistolet afin qu'elle lui montre tout ce que la NERV cache. Ritsuko montre la salle ou est synthétisée la Dummy Plug, et l'on apprend le secret de Rei. Des dizaines de Rei flottent dans du LCL. Ristuko explique que ce ne sont que des corps sans vie, et les détruit.

Ritsuko est emprisonnée peu après, alors que Shinji reste bouche bée devant cette effroyable secret dévoilé.