Shinji commence à fréquenter l'école de la ville, il est dans la même classe que Rei, l'autre pilote d'EVA. Toutefois, comme elle, il ne semble avoir aucun ami, car personne ne l'appelle sur le portable que lui a offert Misato. Ritsuko explique que Shinji est victime du "dilemme du hérisson" , même s'il souhaite partager un peu de chaleur avec les autres, il est effrayé à l'idée de les blesser, et surtout d'être blessé en retour.

Alors qu'il est en classe, Shinji admet qu'il est pilote d'EVA, et toute sa classe le submergent alors de questions! Toutefois, un élève, Toji Suzuhara, dont la petite soeur a été blessée pendant le combat de l'ange (un mur s'est écroulé...), passe sa colère sur Shinji. 

C'est alors qu'arrive le quatrième ange, Shamshel. Shinji est envoyé dans la bataille, mais les tentacules lumineuses de l'ange l'empêchent de l'attaquer et l'EVA se retrouve en mauvaise posture, avec son câble d'alimentation coupé...

Alors que Shinji est projeté sur une colline, il aperçoit ses deux camarades, Toji et Kensuke Aida, venus assister au combat au mépris du danger... Misato dit à Shinji de les récupérer et de filer. Shinji récupère en effet les deux garçons, mais décide d'attaquer l'ange malgré la faible autonomie qu'il lui reste... Malgré les contres-ordres de Misato, Shinji se rue sur l'ange, répétant "je ne dois pas fuir!"  et le transperce avec son couteau, à la dernière seconde...