Shinji a remporté le combat contre l'ange mais il n'en retire aucune satisfaction, tout cela n'a aucun sens pour lui qui ne pilote "que parce qu'on l'y a obligé". Il commence encore à se refermer sur lui même et il fugue, il s'enfuit de chez Misato avec juste un sac. Kensuke et Toji se font du souci pour lui, tout comme Misato qui pense qu'il ne reviendra pas.

Shinji reste des heures dans le métro à écouter son walkman sans bouger, et quand la ligne ferme, il se réfugie dans un cinéma pour attendre la fin de la nuit. Le lendemain, il grimpe tout en haut d'une montagne et contemple la ville, à travers les nuages.

Durant sa fugue, Shinji n'a parlé à personne, il vagabondait tout seul. Ce soir là, alors qu'il marche toujours sans but, il rencontre Kensuke par hasard. Ils discutent ensemble toute la soirée, et Kensuke lui explique qu'il est très envieux de Shinji et aimerait bien être à sa place. Cela fait sourire Shinji, lui qui déteste piloter... Soudain, des membres des services de sécurité de la NERV surgissent pour ramener Shinji de gré ou de force. Shinji a alors un entretien avec Misato qui lui dit que si c'est pour réagir comme ça, Shinji devrait mieux partir...

Le lendemain, Shinji est conduit à la gare pour rentrer chez lui. Kensuke et Toji l'attendent pour lui dire au revoir (C'est là que Shinji frappe Toji pour "être quitte").

Au dernier moment Misato arrive pour empêcher Shinji de prendre le train, et le consoler. Finalement, Shinji rentre bien gentiment à la maison (chez Misato).