Shinji se rend sur le chantier d'analyses des restes de l'ange, avec Misato. Là-bas il voit son père et remarque d'étranges brûlures sur ses mains. Ritsuko lui explique qu'un test d'activation de l'EVA 00 a été effectué, et que cela s'est mal passé. Rei était en danger et le commandant est venu la secourir en ouvrant le sas bouillant de l'entry-plug à mains nues. C'est de là que datent ses brûlures aux mains (c'est pour cela qu'il porte toujours des gants...). Depuis ce jour, Rei garde en souvenir les lunettes cassées de Gendo.

Plus tard, Shinji surprend Rei et Gendo en train de parler amicalement. Gendo et Rei sont tout souriants! Shinji réalise que Rei est plus importante que lui pour son père.

Peu de temps après, Ritsuko confie à Shinji la nouvelle carte d'accès de Rei et le prie de lui apporter directement chez elle. Shinji est gêné mais il y va. L'appartement de Rei est dans un vieil immeuble miteux. Shinji sonne mais la sonnette ne semble plus fonctionner. Il décide d'entrer. La chambre est vraiment austère, assez sombre, et ... sale. Il voit les lunettes de son père sur une commode et décide de les essayer. C'est à ce moment là que Rei sort de sa douche, avec... juste une serviette. Elle avance vers Shinji pour lui reprendre les lunettes et celui-ci perd complètement les pédales et tombe sur Rei en emportant le tiroir avec tous ses sous-vêtements...(pas doué...) Bref il se retrouve à quatre pattes sur elle avec une main sur son sein. Donc il est vraiment gêné, et essaye de s'expliquer mais Rei part avant qu'il ait fini. Il pense qu'elle va lui en vouloir à mort, mais en fait elle s'en fout. Par contre, elle n'aime pas lorsque Shinji dit que son père est un connard, et elle lui fout une baffe.

C'est alors que se produit l'attaque de l'ange Ramiel, qui se positionne au-dessus du QG de la NERV et commence à forer le sol avec une sorte d'énorme "truc pour forer". Shinji tente une sortie avec son EVA, mais l'ange dispose en fait d'un rayon à particules ultra-puissant, et dégomme Shinji à peine sortit du sol. Celui-ci hurle de douleur alors que le rayon commence à faire fondre toute son armure.