Shinji n'a heureusement pas été blessé pendant le combat, il se réveille dans une chambre d'hopital. Pendant ce temps l'ange essaie de percer le bouclier souterrain de la NERV en forant le sol. De plus, il élimine tout ennemi tentant de s'approcher. Misato propose un plan: un tir à longue distance à l'aide d'un fusil spécial, le fusil à positrons. Ce fusil permet de concentrer une grande quantité d'énergie en un rayon surpuissant. Cependant, l'énergie nécéssaire pour percer l'AT field de l'ange est considérable. C'est pourquoi Misato décide de réquisitionner l'énergie de tout le japon pour mener à bien l'opération, baptisée "opération Yashima". Toutefois, même avec cela, Shinji n'aura le droit qu'à un tir, puisque le temps de recharge est plutôt long.

Shinji se met en place avec le fusil, alors que Rei assure la couverture à l'aide d'un bouclier spécialement récupéré pour l'opération. Alors que Shinji effectue son premier tir, l'ange le repère et tire en même temps, les rayons se neutralisent et le tir est raté. Shinji s'affolle et doit attendre que le fusil se recharge. Mais l'ange tire une seconde fois! Alors que l'on croyait que le tir avait atteint sa cible, on voit que c'est Rei qui bloque le rayon avec son bouclier, qui commence dejà à fondre. Shinji se presse de viser et de tirer, alors que Rei n'a même plus de bouclier et protège avec son corps. Cette fois, le tir atteint l'ange de plein fouet et celui-ci est détruit.

Shinji sort rapidement de son EVA pour secourir Rei. Il ouvre la plug manuellement et la découvre indemne au milieu de sa plug. Au bord des larmes, il est heureux. Rei ne sait pas comment réagir face à ces sentiments inconnus. Shinji lui dit de simplement sourir, et Rei sourit pour la première fois...