Shinji est plus décontracté, et n'hésites pas à faire remarquer à Misato l'état déplorable de son appartement et son comportement imature. Celle-ci pense que c'est une bonne chose que Shinji se sente à l'aise, et qu'il puisse avoir un semblant de vie normale. Parallèlement, une autre organisation que la NERV a créé elle aussi une arme de combat contre les anges, avec l'avantage que le pilote peut diriger la machine à distance, et que celle-ci a des réserves d'énergie inépuisables grâce à un réacteur nucléaire. Ce robot s'appelle le Jet Alone.

Misato et Ritsuko sont invités à la réception de présentation officielle du Jet Alone, et son inventeur n'hésite pas à ironiser sur les performances aléatoires de EVA et leur manque de sécurité autant pour les pilotes que pour la population. Misato est folle de rage mais Ritsuko semble très calme...et sûre d'elle.

La démonstration commence, mais contre toute attente le JA se révèle incontrôlable, et la panique s'installe. Malgré le fait que Ritsuko essaie bizarrement de la retenir, Misato décide de lancer une opération de sauvetage lorsque le JA menace de produire une explosion nucléaire.

Elle envoie L'eva 01 à la poursuite du JA, et demande à Shinji de la déposer sur le robot pour qu'elle puisse rentrer à l'intérieur et le désactiver. Malgré tous ces efforts, le mot de passe que l'inventeur lui a donné semble être érroné. Toutefois, à la dernière seconde, le système est réinitialisé. Misato se rend bien compte que cela est l'oeuvre d'une personne extérieure. Shinji, en voyant l'exploit de Misato change quelque peu d'avis quand à son comportement négligé. Mais le lendemain elle est redevenue la même!