Misato emmène Shinji, Kensuke et Toji à bord d'un porte-avion de la flotte du pacifique, pour rencontrer le nouveau pilote de l'équipe. Il s'agit de Asuka Shoryu Langley, une jeune fille insolente et orgueilleuse. Tout de suite elle traite Shinji avec mépris, et file même un baffe aux trois garçons qui avait vu sa culotte à cause du vent!
Alors que Misato discute avec le commandant de la flotte des procédures en cas d'attaque d'Ange, Ryoji Kaji, ancien petit ami de Misato, fait son entrée en tant qu' escorte d'Asuka. Misato est très troublée par le brusque retour de Kaji dans sa vie. Toutefois, la soi-disant escorte assurée par Kaji n' est qu'une couverture. En effet sa vraie mission, sous les ordres de Gendo, est de transporter un embryon, celui du premier Ange responsable du second impact, Adam. Sa présence sur le bateau entraine l'attaque soudaine d'un Ange, Gagiel.
Kaji s'enfuie alors en avion avec le précieux bagage, laissant Misato et les pilotes se débarrasser de l'Ange. Toutefois, Asuka est sûre d'elle, et elle active l'EVA 02 malgré les contre-ordres du commandant de la flotte. Par la même occasion, elle entraîne Shinji dans son EVA.
Celle-ci n'est pas équipée pour combattre sous l'eau, et Asuka tente de rester hors de l'eau en sautant de bateau en bateau, détruisant par là-même bon nombre de ponts d'envol. Mais l'ange finit par faire basculer l'EVA dans l'eau. Misato élabore un plan audacieux pour battre l'ange, en utilisant la puissance de feu de la flotte. Mais pour que cela fonctionne il faut que l'EVA puisse bouger. Grâce aux volontés simultanées de Asuka et Shinji, l'EVA finit par bouger et l'Ange est vaincu.