Le dernier Ange est mort, amenant à la phase finale du scénario - l'accomplissement du Projet de Complémentarité. La SEELE ordonne immédiatement à Gendo et Fuyutsuki de terminer le projet en utilisant l'Eva-01, mais tous deux ont des réserves quant à l'exécution d'un plan signifiant la mort de toute personne; ils s'opposent aux souhaits de la SEELE. Cependant, la SEELE n'est pas de ceux qui ignoreraient une telle trahison, et les alarmes de Magi déchirent l'air à l'aube suivante. Il s'agit d'une attaque par les autres ordinateurs Magi situés autour du globe et visant à pirater l'original. S'ensuit l'officialisation de l'Ordre Spécial A-801 qui dépossède la NERV de sa couverture légale et représente l'ultimatum de la SEELE. Bien que la NERV repousse de peu l'attaque en redonnant son statut à Ritsuko, elle est impuissante contre l'invasion par la Force Stratégique d'Auto-Défense Japonaise (JSSDF). Les forces armées pénètrent la NERV comme un couteau chaud dans du beurre. Même la NERV, qui repoussa avec succès les Anges, est faible contre les autres humains. "Pourquoi veulent-ils les Evas à ce point!?" Cette question hurlée par Maya disparaît sans réponse au milieu des cris et des armes à feu....

Une Fausse Renaissance

Sohryu Asuka Langley a tout perdu. Sa mère, sa confiance, sa fierté, et même son désir de vivre.... Puis les rapports sur l'attaque de la JSSDF amènent Asuka à être enfermée à nouveau dans l'Eva. Les explosions et vibrations font trembler Asuka jusque dans son âme, et ses murmures se changent peu à peu en cris. "Je ne veux pas mourir... Je ne veux pas mourir... Je ne veux pas mourir... Je ne veux pas mourir... Je ne veux pas mourir... Je ne veux pas mourir... Je ne veux pas mourir... Je ne veux pas mourir... JE NE VEUX PAS MOURIR!! ... Maman!!"

Dans le ventre de l'Eva, Asuka réalise qu'elle est avec sa mère - que sa mère est à ses côtés.  Les ennemis grouillant à ses pieds ne font plus le poids face à Asuka, et même les neuf Eva series ne peuvent l'arrêter. L'Eva-02 se déplace vaillamment en reine du champ de bataille, s'élevant, écrasant, mettant à bas, poignardant, étranglant, frappant, balayant, tirant, courant, et s'arrêtant... sa limite opérationnelle atteinte. Les neuf Eva series s'illuminent au-dessus de l'Eva-02 immobile - et le massacre de l'Eva par les Evas commence.

La SEELE s'efforce de mener à bien le Projet de Complémentarité. Les manoeuvres de Gendo, et l'invasion de la NERV par le JSSDF... Misato et Shinji se précipitent sous les balles et la fumée; deux personnes avec une relation délicate: mère et fils, soeur aînée et frère cadet, amants, adulte et enfant, supérieur et subordonné... Les balles fusent! Tandis que Misato couvre Shinji, ses jambes faiblissent et les deux s'effondrent en bout de chemin. Les larmes et la colère se mélangent, et les émotions mises à nu s'affrontent. Des mots prononcés à bout de souffle, l'exposition d'un coeur, de l'affection, et la rencontre des lèvres de deux personnes - passant d'une simple caresse à un baiser adulte. En de nombreuses façons, Misato fut la première femme de Shinji.

"Nous ferons le reste quand tu reviendras..." furent ses paroles, mais Shinji savait qu'il n'y aurait pas de "reste", car les mains et lèvres encore chaudes de Misato étaient couvertes de sang...