Shinji hurle en voyant la forme brutalement mutilée de l'Eva-02. Les hurlements de l'Eva-01 créent un maelström au sein du Geofront, et la rage de Shinji fait revenir la Lance de Longinus de son repos autour de la lune. Ce fut aussi le déclencheur du commencement des deux projets -- les Projets de Complémentarité de la SEELE et de Gendo. Ayant récupéré la Lance, la SEELE souhaite accomplir la Complémentarité de l'humanité au travers de la mort sans discrimination de toute vie et toutes prières. Les répliques de Lance percent les deux mains de l'Eva-01, et une voix remplie d'harmoniques enveloppe le monde -- la cérémonie a commencé. Au même moment, profondément sous le QG de la NERV laissé à nu par l'attaque de la JSSDF, Gendo Ikari est debout aux côtés de Rei, Lilith en face d'eux, dans le Terminal Dogma. Gendo y a amené Rei pour tenter l'union interdite d'Adam et Lilith. Deux Projets de Complémentarité sont exécutés simultanément dans les cieux et dans les entrailles de la Terre. Les gens n'atteigneront-ils la complémentarisation dans aucun des deux cas...? La réponse repose à l'intérieur de l'Eva-01....

"Prudence, en conaissant le bien et le mal, l'homme est devenu l'un des nôtres; et maintenant, fort de cela, il étend sa main, et prend aussi de l'Arbre de la Vie, mange, et vit à jamais." (Genèse) Les humains prirent du Fruit de la Sagesse et atteinrent la sagesse - "La science". Cependant, c'est aussi un pouvoir maudit. Les humains atteignent leur prospérité à travers la sagesse, mais mourront-ils aussi à travers elle? Mais d'autre part, d'autres humains prirent du fruit de la vie au moment où les autres obtenaient la sagesse. Ce sont les Anges - une autre possibilité qui combattra pour le futur; une autre forme d'humain. Mais si les fruits possédés par les deux formes pouvaient être réunis au même instant... ceci est le Projet de Complémentarité - Une incantation pour faire évoluer les humains vers un nouveau seuil. La SEELE fait se joindre le Fruit de la Sagesse et le Fruit de la Vie, et fait revenir l'Eva-01 à l'état d'Arbre de la Vie. La lune noire apparaît, Rei et l'Eva assimilent les personnes ayant perdu leurs A.T.Fields - la barrière du coeur -, elles reviennent à la mer primordiale de la vie, des croix de lumière remplissent la surface de la terre. La Complémentarité de l'homme a démarré....

La Chambre de Gaf s'ouvre - ceci est synonyme de l'ouverture de la porte sur le début et la fin du monde. Le monde est inondé de tristesse. Les gens sont entourés par la vacuité... Et la solitude remplit leurs coeurs. Et quand l'histoire de l'homme atteindra sa conclusion, Gendo Ikari sera de nouveau uni à sa femme. Yui Ikari - la femme qui aima un homme qui ne le méritait pas. Le Projet de Complémentarité existait-il pour la faire revenir? La Complémentarité aux yeux de Gendo ne pouvait que signifier la résurrection de Yui. Arrivé à cette retrouvaille attendue avec joie, Gendo confesse qu'il était "effrayé" - la peur que le contact avec son fils ne fasse que blesser ce dernier. Le dilemne du hérisson: plus nous nous rapprochons les uns des autres, plus nous nous blessons. C'est celà peut-être, la nature des gens qui se rendent étrangers aux autres en utilisant la barrière de leur coeur. Gendo faisait aussi partie de ce genre de personnes faibles. Comme son fils, Shinji, il n'était rien de plus qu'un homme lâche et faible. Avec ses derniers mots "Pardonne-moi... Shinji," Gendo est écrasé par les mâchoires de l'Eva-01. Cela est-il la punition pour un homme qui ne faisait que fuir son propre monde, ou bien alors son salut...?

Tu penses vraiment me comprendre!? Cela m'écoeure! C'est la façon la plus facile pour ne pas être blessé. Laisse-moi entendre ta voix! Tu n'as que toi-même! Soucie-toi de moi! Tu ne comprends rien, IDIOT! ça me fait peur. Ne t'approche plus de moi... Mais l'ambiguité me fait me sentir menacé. Non. Aide-moi! Je crois que tu peux me sauver. Peut-être n'aura-t-on plus besoin de moi un jour. C'est pathétique... ça me dérange. C'est si ARROGANT! J'ai essayé de comprendre... A chaque fois que je te regarde, ça m'énerve tellement ! Alors sois gentille avec moi. Si tu veux le faire avec moi, mets-toi à genoux et supplie-moi! Vous vous cachez toutes derrière un sourire! Vous ne faites que m'utiliser pour vous distraire... Ne me laissez pas seul! Vous n'avez jamais vraiment aimé qui que ce soit! Ne me tuez pas! ........ Non...

- Fin -